清除菌源，实行轮作，选用抗病品种。
播种前烧掉带菌秸秆，以消灭越冬菌源，压低初侵染源基数。
药剂防治：近年来随着种衣剂的研制与应用，使玉米丝黑穗病得到有效控制，如8.6%戊唑·福美双悬浮种衣剂172至215克/100千克种子、6%戊唑醇悬浮种衣剂8至12g/100千克种子、60克/升戊唑醇种子处理悬浮剂6至12克/100千克种子、28%灭菌唑悬浮种衣剂28至56克/100千克种子、10%甲·戊·嘧菌酯悬浮种衣剂20至40克/100千克种子、10%精甲·戊·嘧菌悬浮种衣剂20至30克/100千克种子等进行玉米种子包衣。但要严格按照包衣剂量的要求，若超过安全剂量，遇到低温天气会造成药害。
玉米瘤黑粉病在整个生育期均会发病，会导致果穗没有籽粒，引起减产。建议选用抗病品种，使用药剂拌种后适期播种。在玉米出苗后和拔节期使用苯醚甲环唑悬浮剂或苯醚甲环唑悬浮剂等药剂进行防治。
