主要以菌丝体或分生孢子在病果、果台，枝条内越冬，其中果皮、果台、子粒的带菌率最高。翌年4月中旬前后，越冬僵果及果台的菌丝产生分生孢子是当年病菌的主要传播源，发病季节病原菌随雨水从寄主伤口或皮孔处侵入。
石榴果实干腐病菌在花期和幼果期即可侵染，并具有潜伏侵染的特点，但主要发病时期是在成果期。病菌主要以开败的花和花丝作为跳板从萼筒处侵染发病，后扩大蔓延造成果实腐烂。病菌通过风雨传播，以僵果越冬。当年疏果时散落在果园的果实，在直径小至1.75厘米的疏果上分离出大量石榴干腐病菌，并且可以发病产孢，成为当年再侵染源。这些疏果上的病菌为病害的再侵染提供大量菌源。
