对柚子树的施肥主要以农家肥为主，柚子生长的过程中需要大量的营养，所以在种植过程中一定要保证柚子树生长所需的足够营养。在柚子树开花结果时不能使用化肥，特别是含氯肥。对第一次结果的树至少要施三次肥，第一次是在采收后，然后在第二年春天萌芽时进行第二次，最后一次在壮果的时候。主要是以农家肥为主，后期的追肥工作根据果树生长情况与土壤肥力而定。
柚幼年树施肥，主要是促进各次枝梢的抽生与生长，使树冠迅速形成，提早进入结果期。所以，幼年树施肥应根据其抽梢时间，分期多次施肥。抽梢前施肥，可促进发梢和使枝梢生长强健，在新梢顶芽“自枯”后至新叶转绿前施速效肥，能促进枝梢充实。通常于春梢、夏梢、秋梢抽生前半个月各施一次肥料(速效肥)，冬季再施一次有机肥。由于幼年树根系少而分布浅，吸肥能力差，且耐肥能力弱，肥料浓度高或肥料未腐熟，都会伤根。所以，幼年树施肥要以勤施薄肥为原则。
