南瓜收获后应注意防止南瓜磕碰出伤口，及瓜把脱落，这择有助于保存较长时间；并且要低温储藏，但也不宜冷冻。
南瓜老瓜果皮比较坚硬，对于包装材料要求不严，嫩瓜果皮比较软嫩，要求包装材料较严，否则容易伤害果实。目前常见的包装方式有：编织袋包装、塑料筐包装、纸箱包装和散装等。
