化学防治:喷施50%多菌灵可湿粉500倍液或50%速克灵可湿性粉剂1500倍液喷施2次，间隔7－10天。要对田间、地头、田埂、水渠、路旁等处同样喷施，以杀死菌核病子囊盘。
油菜菌核病的治理策略是以种植抗（耐）病品种为基础，结合清除菌源、改进栽培管理措施、适时化学防治，如速克灵，扑海因，纹枯剂，五氯硝基苯等
防治油菜菌核病可亩用80%多菌灵100-120克或25%咪鲜胺50-60克；防治油菜霜霉病、黑斑病可选用75%百菌清亩用150—200克；防治油菜蚜虫可用25%噻虫嗪亩用6-8克，兑水30kg均匀喷雾，重点喷在油菜中下部。
38%恶霜菌酯水剂800倍液或41%聚砹嘧霉胺1000倍液、30%甲霜恶霉灵2000倍液、50%扑海因可湿性粉剂1500倍液、50%农利灵可湿性粉剂1000倍液、50%甲基硫菌灵500倍液。
有目的地创造有利于植物生长结果的环境条件，采用先进科学的农业培管措施，增强长势，提高抗性；同時创造不利于病虫害发生发展的抑制条件和减轻病虫草害危害的程度。这是最经济、最基础的防治措施。
油菜菌核病可以使用咪鲜胺、使百克等特效药来进行防护治疗，而咪鲜胺的最佳用药时期是油菜花的盛花期，除了使用以上特效药外，还可以在种植前进行农业防治，也就是培育抗病品种，对种子表皮进行菌核消除，从根源防治。
