大豆菌核病的病原菌以菌核在土壤中、病残体内或混杂在种子中越冬，越冬菌核在适宜条件下萌发，产生子囊盘，并释放子囊孢子，借接触或气流传播蔓延进行初侵染，再侵染则通过病健部接触菌丝传播蔓延，条件适宜时，特别是大气和田间湿度高，菌丝迅速增殖，2～3天后健株即发病。
该病在阴雨连绵的年份，发生重，地势低洼和重茬地发生重。此外，施有氮肥过多，大豆生长繁茂，茎秆软弱，倒伏地段发生重，过度密植田，发病率重。扬花期长的品种更容易感病。宽垄种植，株间增加通风，可以减轻病害。
